Studia drugiego stopnia w Małopolskiej Wyższej Szkole Ekonomicznej w Tarnowie trwają dwa lata (cztery semestry) i kończą się obroną pracy magisterskiej. Zakres tematyczny przedmiotów realizowanych w ramach studiów drugiego stopnia jest uzależniony od wybranej przez studenta specjalności. Na studia drugiego stopnia może być przyjęta osoba, która posiada dyplom ukończenia studiów (pierwszego, drugiego stopnia lub jednolitych studiów magisterskich).
Studia pierwszego stopnia mogą być realizowane w trybie stacjonarnym i niestacjonarnym. Zajęcia na studiach niestacjonarnych są prowadzone w systemie weekendowym.